Основной целью деятельности ФГУ «Верхне-Волжскводхоз» является организация реализации мероприятий по изучению, рациональному использованию и охране водных ресурсов, восстановлению водных объектов, предупреждению и ликвидации вредного воздействия вод в бассейне реки Волга, Шекснинского, Рыбинского, Горьковского и Чебоксарского водохранилищ, на территории Владимирской, Ивановской, Ярославской, Костромской, Пензенской , Нижегородской областей, Чувашской Республики, Республики Марий-Эл и Республики Мордовия и на других территориях Российской Федерации по указанию Учредителя.
Координацию и контроль деятельности ФГУ «Верхне-Волжскводхоз» осуществляет Федеральное агентство водных ресурсов совместно с Верхне-Волжским бассейновым водным управлением.
Коллектив Учреждения – грамотные и высококвалифицированные специалисты, которые быстро и профессионально решают поставленные перед ними задачи.
С 28 июня 2011 года изменен тип Учреждения. Официальное полное наименование: Федеральное государственное бюджетное учреждение "Верхне-Волжскводхоз".